Der SC Maccabi Wien wurde 1995 vom heutigen Präsidenten der Israelitischen Kultusgemeinde, Oskar Deutsch, neu gegründet. Das erste offizielle Spiel wurde im Sommer 1996 gespielt. In den ersten Jahren des SC Maccabi Wien gab es nur eine Kampfmannschaft. Der heutige Maccabi Obmann, Michael Margules, stieß im Jahr 2003 zum Verein und baute sukzessive den Nachwuchsbereich auf. Heute hat Maccabi Wien sieben Mannschaften von U7 bis U18, dazu eine Kampfmannschaft und eine Reserve. Die Mannschaften des Nachwuchs nehmen seit 2004 an den Meisterschaften des Wiener Fußballverbandes teil, während die Kampfmannschaft sich in der Oberliga B, der dritthöchsten Leistungsstufe in Wien, etabliert hat. Seit 2020 hat Maccabi Wien einen neuen Spielort, im 21. Wiener Bezirk, mit dem Verein SC Elite als Gastgeber. Erstmals in Maccabis Geschichte wird an einem Standort trainiert und auch Meisterschaft gespielt.